1995年以来，我院在多方面主动进行开拓创新。紧紧围绕全省重大战略和省委省政府中心工作，积极拓展投资咨询业务领域，承担具有全局意义的课题研究和规划编制工作，强化服务宏观决策的源头供给能力。精心打造《决策咨询》内刊，畅通咨政建言通道，构筑思想传播高地。推进咨询业务市场化改革，激发人才队伍的创新活力与内生动力，以竞争激励为特征的特色文化蔚然成风。同时，成功取得工程咨询甲级资质，积极拓展地方和企业服务版图。至2003年，全院“三位一体”咨询业务格局初现雏形，成为院服务多层次决策需求的独特优势。

1995年5月，省计经委印发《关于成立浙江省工程咨询协会的批复》，同意由院和浙江省工程咨询公司牵头组织成立浙江省工程咨询协会，同年12月获省民政厅正式批准。1996年2月，协会召开成立大会，选出第一届领导班子成员，名誉会长为时任省长，会长由时任院长担任，副会长兼秘书长为时任副院长，协会秘书处设在本院。

协会成立不久，便与壳牌石油公司达成合作，共同组织“长江三角洲液化天然气研讨会”，提出切合中国实际的天然气引进新对策——“南北双向、海陆两栖、液气并重”。会后，法国道达尔公司、美国阿莫科公司、埃克森公司、安然公司等国际企业来浙江寻求合作。其中，美国前国务卿基辛格代表安然公司到访浙江，会见省长并与院会商。

自1995年起历时5年，时任院长组织开展浙江省引进液化天然气（LNG）系列研究，与国际知名石油公司开展合作。期间先后完成包括市场预测、站址比选、能源结构优化、终端选址、燃气汽车发展、城市及全省天然气利用规划等在内的十余项重点报告。1996年，与埃克森公司签署LNG项目合作备忘录，标志着浙江LNG发展迈出实质性步伐，为全省天然气战略布局和清洁能源发展奠定坚实基础。

1996年起，承担国家“九五”科技攻关项目子课题——《关于我国发展和应用高速磁浮列车重大技术经济问题研究（以沪杭线为实例）》，完成杭金衢高速公路工程可行性研究报告预评估、舟山市大陆引水工程预可行性研究评估、1996－1999年镇海60万吨/年乙烯工程前期研究任务、全省首个利用世界银行贷款项目——杭、宁、温三市日产30万吨水厂评估等重大工程前期工作。

1999年，省政府印发《关于进一步完善省政府民主决策制度的通知》（浙政发〔1999〕211号），要求加强决策咨询系统建设，明确提出“省经济建设规划院等单位在政府重大事项决策中的咨询和参谋作用”。

从20世纪90年代起，我院加大为市县政府开展规划研究工作力度，服务范围逐步扩大。90年代初，服务萧山、绍兴等地；90年代中后期，服务宁波并拓展至温台地区、金衢丽地区、舟山地区。

这一时期，参与完成了一批重大课题研究和规划编制工作。1996—1997年，开展浙江参与上海国际航运中心选址研究。2000年，时任副院长牵头开展“十五”规划基本思路研究，我院提交的《浙江“十五”规划基本思路初步研究》为全省首份“十五”规划前期调研成果，还牵头承担《浙江省城市化发展战略研究》，均获得时任省委主要领导批示肯定；完成《浙江省矿产资源总体规划报告》，是经国土资源部批准的全国首个省级矿产资源规划。2001年，完成温州华峰工业集团企业发展规划编制任务，是院承担的首个企业发展规划。2003年，承担省政府交办、省计经委组织的环杭州湾、温台沿海、金衢丽三大产业带规划编制研究工作，先后由省政府批复实施；完成《浙江省海洋功能区划》，获得国务院批复。

据不完全统计，课题研究与规划编制占全院业务比重逐年上升，2003年占比已超过50%。

1998年时任院长推动内部改革。1998年12月，同时印发《浙江省经济建设规划院全院聘用合同制试行办法》和《浙江省经济建设规划院首次岗位聘用实施意见》，正式实行机制改革。比如，处长实行聘任制，员工实行双向选择制，推行“干部能上能下、员工能进能出”的用人原则，建立按实绩分配、多劳多得、少劳少得的分配机制等。改革后，全院干部职工工作积极性显著提高，业务量每年保持快速增长。同时，注重培养干部职工的主人翁意识，建立健全民主决策机制，让干部职工参与管理，从而奠定院发展动力的机制基础。

1999年3月，为提高宏观经济咨询服务水平，及时反映关系全省经济社会发展战略、规划、项目、政策等方面的重要意见和建议，以及相关的动态与信息，做好为省委、省政府及宏观管理部门和有关方面的决策咨询服务，我院在原《工程咨询简讯》基础上创办《决策咨询》内刊，内容涵盖经济、社会、海洋、产业、能源、城乡等领域，不定期刊发，以内部稿件形式报送省委、省政府及相关部门领导参阅，成为高层决策的重要参考。

2002年8月，中国工程咨询协会发布公告，首次认定院具有甲级工程咨询资格。至2003年，我院已成为全国首批取得甲级工程咨询资格的综合性工程咨询机构、中国工程咨询协会团体会员和常务理事单位、国际咨询工程师联合会（FIDIC）在中国最早的团体会员之一。此外，我院还被国家海洋局认定为全国具有编制海洋功能区划资格的38家单位之一、全国19家列入第一批海岛保护规划编制技术单位之一，并获得城市规划设计乙级资质。