2004年，浙江省经济建设规划院正式更名为浙江省发展规划研究院，标志着院咨询服务领域从经济建设向国民经济和社会发展全面转型提升。此后，我院聚焦主责主业，打造课题研究、规划编制、工程咨询“三位一体”业务格局，推进质量管理体系建设，创办学术期刊，建立自主课题研究制度和学术委员会，探索专业化分工和综合集成，确立智库的发展定位。经过十余年的发展，我院综合实力和社会影响与日俱增，业务体量显著提升，人员规模突破百人，逐步向省内领先、业内一流、国内知名的新型智库迈进。

党的十六届三中全会提出要统筹经济社会发展和加快转变政府职能的要求。2003年，我院向省发展计划委员会提交《关于我院更名为“浙江省发展规划研究院”的请示》（浙经院〔2003〕29号）。2004年12月，省委编办〔2004〕84号文批复同意“浙江省经济建设规划院”更名为“浙江省发展规划研究院”。

更名后，院简称确定为“省规划院”，确定英文名称为“Zhejiang Prov. Development Planning & Research Institute”，缩写为“ZDPRI”。2003年5月，正式开通门户网站，更名后域名调整为“www.zdpri.cn”与“www.zdpri.com”。2005年初，经多方设计和全院职工评选，最终确定院标方案，以简洁方形和弧线元素为主体，于当年院夏季学习班上正式发布。2005年9月，搬迁至瑞祺大厦办公，这是我院第六次迁址，为体现民主开放办院的方针，瑞祺大厦会议室被命名为“群言堂”“广议厅”等。

为践行科学发展观，主动适应国家统筹经济社会发展以及政府职能转变的要求，我院在业内率先提出集课题研究、规划编制、工程咨询“三位一体”的链式咨询业务发展战略。时任院长在2003年度夏季学习班上，全面阐述打造“三位一体”业务的总体格局，提出“以研究带规划、以规划带项目”的发展思路。学习班后随即召开院长办公会议，确定“三位一体”的工作格局，并将规划确立为当时的院主体业务。

伴随行政审批制度改革、规范中介服务等系列改革，我院业务从“项目评估”，逐步开拓为集课题研究、规划编制和工程咨询“三位一体”的链式咨询业务。“三位一体”业务格局的提出和完善，对全院发展理念与实践产生深远影响，有力支撑业务的持续稳定增长，对我院从单一的工程咨询机构发展为综合性决策咨询机构具有重要的引领和推动作用。时至今日，“三位一体”业务一直是我院咨政建言和高端智库建设的一个特色品牌。

随着“三位一体”业务格局的逐步形成，各业务部门咨询报告的文本格式、封面、盖章页、署名页、目录及各类数据的符号、计量单位缺乏标准化表述，加强院业务质量管理体系建设势在必行。2004年，我院启动贯标前期准备工作，2005年初正式启动贯标工作，内容涵盖“院质量方针与目标方案”征集、新咨询业务质量管理体系设计、服务对象及产品成果等定义明确、各职能部门与岗位质量目标分解、质量管理体系文件起草，以及QMS内部审核和认证机构外部审核等。贯标工作历时10个月，于2005年12月底正式获得认证中心签发的质量管理体系认证证书。

2005年7月，我院与省咨询委联合举办“浙江海洋经济发展论坛”，多位院士和省内外知名专家、学者参加，《人民日报》等多家中央级和省级新闻媒体报道了论坛情况。时任省委书记专门为论坛发来贺信，这是建院以来首次收到省委书记专门为院组织活动发来的贺信。

2005年，为推进质量管理体系（QMS）建设，我院开展“质量方针与目标方案”征集活动。在全院提交方案的基础上，经院贯标工作领导小组讨论、提炼和公开表决，“谋划未来，尽责历史；科学、人文、公正、创新”方案脱颖而出。方案中“谋划未来，尽责历史”八字源自“规划未来，责任历史”的提案。最终，经院领导班子审定，将方案中“公正”改为“诚信”，院质量方针正式确立为“谋划未来，尽责历史；科学、人文、诚信、创新”。

2006年7月，我院创办《发展规划研究》杂志。稿件来源以院咨询成果转化为主，编辑力量亦以院为主。栏目设置采用板块套栏目方式，设卷首、特稿、争鸣、规划、区域、海外等六大栏目，以月刊赠阅形式寄送至各级党委政府部门及省内外同行。同年11月，省新闻出版局批准院创办《发展规划研究》内刊（浙内准字〔2006〕057号）。2014年8月，省人社厅将该刊列入全省“申报高级经济师资格发表论文的杂志目录”（浙人社发〔2014〕109号）。该刊在业内产生良好反响，先后三次获评“中国工程咨询行业十佳报刊”。

2010年初，我院又创办《中国城市化》，初期以内刊发行，后与《环球市场信息导报》杂志社合作，名义上为公开出版的学术期刊。《中国城市化》的目标定位以政策研究为导向，兼顾学术性与实践性，内容涵盖城市规划、人口迁移、土地政策、可持续发展等议题，突出浙江经验与中国特色的城市化路径。合作资源依托院的政府智库属性，联合高校、国家部委研究机构及国际组织，形成跨领域编委团队。2014年11月，《中国城市化》转由浙江大学公共管理学院承办。

2012年，时任院长在年度理论与业务学习班上代表院党组提出“开放办院、民主治院、品牌立院、人才兴院”的建院方略，秉承“谋划未来，尽责历史”与“服务至上，质量制胜”的核心理念，遵循“创牌与创收并重，出人才与出成果并举”的发展方针，持续推进“三位一体”链式咨询，打造国内一流本土智库，努力为全省乃至全国经济社会科学发展作出更大贡献。

为提高决策支撑力和影响力，提升全院职工的研究水平，时任院长于2013年正式提出建立自主课题研究制度。自主研究课题，既非上级交办，也非横向委托，而是院根据战略发展需要和前瞻性判断，自筹经费、自主立题破题，为省委省政府提供具有前瞻性的研究报告。2013年，我院首次设立8个自主课题研究，其中《能源消费总量控制背景下我省产业转型发展方向的研究》《浙江农业转移人口市民化问题研究》等分获国家和省优秀工程咨询成果奖。2014年以来，相应出台自主研究课题实施方案，每年确定若干个自主课题。该制度至今沿用并产生良好的社会影响。

为推进研究水平提升与学术发展，我院决定成立学术委员会。2013年8月，院学术委员会成立大会召开，同步开展2013年度各类专业技术职称申报评议、推荐。会议由时任院长兼学术委员会主任主持，时任副院长兼学术委员会副主任参会。第一届学术委员会共由18名委员组成。

2013年，时任院长着力推进院内专业化分工，要求各业务部门立足职能定位，深耕专业领域，培育特色优势，并通过配套分配政策加以引导，明确与省发展改革委处室的业务对口联系，推动各部门提升研究的专业化水平。经过调整，各业务部门分工更为明确，专业积累持续深化，高质量研究成果不断涌现。2014年全院专业化分工程度已达95%左右，2015年提高至98%左右。

在建立综合集成机制上，我院也做出一些探索。一方面引导鼓励跨部门组成课题组，如2012年承担省政府委托的《浙江省高新技术产业发展和布局研究》，集成了三个部门的力量协同开展研究，得到省领导充分肯定，并获全省党政系统优秀调研成果奖和省优秀工程咨询成果奖；另一方面积极开展跨院的横向合作，截至2015年我院已与中国国际经济交流中心、中国国际工程咨询公司、国家发展改革委宏观经济研究院、省政府咨询委、清华大学、浙江大学等各类智库建立战略合作关系。

党的十八大以来，党中央把建设中国特色新型智库摆上突出位置，为工程咨询行业转型提出了新要求。2013年1月，时任副省长来院走访视察，在听取时任院长工作汇报后，对我院发展取得的成绩给予充分肯定，认为院是全省知名的“智囊团”“思想库”和“工程院”，为院的转型发展指明了方向。随后，院着手谋划新型智库建设的定位和构想。

2014年，院通过职工问卷调查和座谈交流、走访兄弟单位、召开处长专题务虚会等方式，基本确立了建设新型智库的目标定位，并研究梳理与之相适应的发展路径、基本策略和主要举措。2015年，时任院长在工作部署会议上指出，要进一步明确建设新型智库的发展定位：立足“工程院”，同时向“工程院”“智囊团”“思想库”综合体迈进，努力打造省内领先、业内一流、国内知名的新型智库。

2004—2015年间，我院高层次、领军型人才不断涌现。其中，2人荣获FIDIC中国优秀青年咨询工程师称号，4人成为享受国务院政府特殊津贴专家，1人被省政府授予“浙江省有突出贡献中青年专家”荣誉称号。11人入选省“新世纪151人才工程”培养人员（其中第二层次培养人员3名），1人被评为省宣传文化系统“五个一批”人才。